Eresia catara e quarta crociata
Sulla Chiesa incombeva il pericolo dell’eresia catara; i più minacciosi erano gli albigesi, i Catari della Francia meridionale, appoggiati dalla locale borghesia.
Innocenzo III, nel suo primo anno di pontificato (1198), inviò dei cistercensi in qualità di legati; ottenne però scarsi risultati e quando, nel 1208, Pietro di Castelnau, cistercense, legato papale, fu assassinato il pontefice indisse allora, contro i catari, una crociata.
Questa ebbe inizio sotto la direzione militare del conte Simone di Montfort ed ecclesiastica del legato papale e durò dal 1209 al 1229, quando si giunse alla pace di Parigi.
All'epoca la Francia meridionale era stata ormai tutta devastata: l'eresia era stata infranta e tuttavia rimanevano alcuni focolai che però furono debellati non dalla lotta armata e dall'azione repressiva dell'inquisizione, bensì dalla predicazione itinerante dei francescani e dei domenicani, due Ordini mendicanti sorti proprio mentre il Concilio Lateranese IV (1215) proibiva la fondazione di nuovi Ordini.
Innocenzo III, sin dall'inizio del suo pontificato aveva anche ripreso l'idea della crociata per la quale, con bolla 'Graves orientalis' del 31 dicembre 1199, elaborò un piano di finanziamento sulla base di una tassa imposta a tutti gli ecclesiastici.
A predicare la crociata e a mendicare questa tassa fu Folco di Neuilly, che era stato pievano di una parrocchia di campagna, il quale, in seguito, lanciò una spedizione che finì per annientarsi dulle coste della Spagna.
La quarta crociata, detta dei Baroni, ufficiale intrapresa per liberare il Santo Sepolcro, trattò con i Veneziani e terminò nel saccheggio di Costantinopoli.
I Crociati si raccolsero a Venezia nel 1202 e per pagare il nolo, all'insaputa del pontefice, si accordarono promettendo ai Veneziani l'aiuto nella conquista di Zara che apparteneva al re d'Ungheria. Quindi, su consiglio di Enrico Dandolo, doge di Venezia, di nuovo si unirono ai Veneziani per cacciare da Costantinopoli Alessio III, che aveva usurpato il trono di Isacco l'Angelo e, il 17 luglio 1203, rimisero sul trono Isacco. Questi si era impegnato a dare una somma di denaro, a riconciliare la Chiesa greca con la Chiesa romana, nonché a partire egli stesso per la crociata. Ma le promesse non potevano essere mantenute, anzi la popolazione si rivoltò contro lo stesso imperatore. A questo punto i crociati di nuovo assediarono la città e, dopo averla saccheggiata, nominarono imperatore Baldovino, conte di Fiandra. Bonifacio di Monferrato, capo della crociata, divenne re di Tessalonica occupando la Macedonia e la Tessaglia, mentre i Veneziani si presero molte isole e tutto il versante greco del mare Jonio.
Sorse così l'Impero latino d'Oriente, con un patriarcato latino (1204). Finì in questa maniera la IV Crociata che Innocenzo III aveva approvato, convinto che producesse l'unione della Chiesa e fosse valido aiuto per la conquista della Terra Santa.
Così dopo la spinta ideale religiosa, sorta in un'Europa uscita rinnovata dal movimento riformatore e dalla lotta per le investiture, erano prevalsi gli interessi politici ed economici. E solo quest'ultimi vinsero: continuò infatti l'occupazione economica da parte delle città marinare che scambiavano i prodotti orientali con i prodotti e il denaro d'Europa. Continuò anche l'occupazione politica dell'Oriente da parte dei Latini -dal 1204 al 1261- e lo stesso Bisanzio finì sotto la sovranità di un impero latino d'Oriente con la conseguenza che questa latinizzazione, imposta dagli Occidentali, finì per approfondire l'ostilità dei Greci verso gli Occidentali.
Innocenzo III, che morì nel 1216, non poté vedere la V crociata, che tuttavia preparò, nel 1215, affidandone la predicazione a Roberto di Courçon, legato della Santa Sede: è la crociata di Giovanni di Brienne, iniziata nel 1219 e che non andò oltre la conquista di Damietta.
In precedenza v'era stato un moto, che si riallaccia alle crociate popolari, le cosiddette crociate di bambini.
Nel giugno 1213 un giovane pastore di Vendôme, di nome Stefano, credette di essere stato designato da Dio a condurre i cristiani in Palestina. Riuscì a reclutare un migliaio di bambini che salparono da Marsiglia, ammassati in galere, due delle quali fecero naufragio e le altre rifornirono di schiavi Alessandria e la costa africana.
Contemporaneamente un bambino tedesco, di nome Nicola, annunciò di voler creare il regno della pace in Palestina e ventimila fanciulli, ai suoi ordini, si diressero verso Brindisi. Molti morirono di fame e di stanchezza; pochi fecero ritorno al loro paese.