Federico II e la crociata
Dopo l'insistenza del Papa Federico II partì per la crociata
A Onorio III succedeva il card. Ugolino di Ostia, che si era distinto come valente giurista, al pari di suo zio Innocenzo III; e come legato papale nell'Italia centro settentrionale, dove aveva di persona conosciuto e sostenuto il primo e il secondo ordine francescano. Fu eletto il 19 marzo 1227, col nome di Gregorio IX (1227-41).
Il nuovo papa insistette subito con l'imperatore perché mantenesse l'impegno di partire per la Crociata, pena la scomunica.
Finalmente Federico II partì da Brindisi, l'8 settembre 1227, ma dopo due giorni tornò indietro, adducendo il motivo delle febbri scoppiate a bordo. Gregorio IX non accettò queste scuse, ritenendole un pretesto, così come i precedenti rinvii, e il 29 settembre 1227, da Anagni, gli lanciò la scomunica, rinnovata a Roma il giovedì santo dell'anno seguente e sottopose a interdetto i luoghi dove l'imperatore dimorasse.
Federico allora favorì una sommossa dei Romani capeggiata da Frangipane e il papa fu costretto a recarsi a Rieti, da dove passò in Umbria, fissando la dimora a Perugia, mentre le truppe imperiali fecero irruzione nello Stato Pontificio e quelle papali a fianco dei Lombardi, a loro volta, invasero le Puglie.
Finalmente, il 28 giugno 1228, Federico partì per la Crociata, sbarcando ad Acri il 7 settembre successivo. La spedizione di questo imperatore scomunicato non aveva carattere religioso: egli pensava di realizzare il piano di suo padre Enrico VI, cioè di egemonia nel Mediterraneo.
Intavolate trattative con il sultano di Egitto Malek-el-Khamil, padrone della Palestina, si giunse al trattato di Giaffa (4 febbraio 1229) con il quale Federico II ottenne il dominio della città di Gerusalemme, Betlemme e Nazaret, con le strade che le collegavano a S. Giovanni d'Acri, promettendo in cambio che per dieci anni non ci sarebbero stati attacchi degli Occidentali contro l'Egitto.
A loro volta i musulmani conservavano a Gerusalemme il tempio del Signore e la libertà di culto, mentre il patriarca e il clero latino, come gli ordini militari, rientravano in città, ma senza la restituzione dei loro beni.
Federico II poteva così entrare in Gerusalmeme e cingere il 7 marzo 1229 la corona regale nella basilica del Santo Sepolcro.