Protagonista principale della riforma protestante è certamente Lutero. Il suo primo problema non è di certo stato quello di capire quale fosse la vera Chiesa, il suo problema è tutto personale ed è un problema di salvezza. Per Lutero al centro di tutto c'è la Parola, Parola da cui nasce la Chiesa, quindi la Parola è superiore alla stessa Chiesa. Ciò che conta è la predicazione e i due sacramenti: battesimo ed eucarestia. Dove è presente il vangelo lì c'è la Chiesa, Lutero critica anche la successione apostolica, la vera Chiesa che mantiene la tradizione degli Apostoli è quella più fedele al loro insegnamento.

Giovanni Calvino è di certo colui che ha organizzato la Riforma Protestante, descrive la Chiesa come comunione dei santi, come madre e come ministeriale. Calvino da un'organizzazione alla Chiesa.

Il Concilio di Trento, va studiato come concilio di riforma, non come controriforma. Contrappose la riforma cattolica a quella protestante, ma non fu un semplice ritorno al medioevo, bensì modernizzò. Una sorta di ecclesiologia implicita o pratica è rintracciabile nei dibattiti circa la predicazione della Parola di Dio, la residenza dei vescovi e del clero in cura d’anime che accompagnarono le discussioni teologiche; come pure nei tentativi di soluzione al problema beneficiale e di rinvigorimento dell’autorità episcopale. Il Tridentino imporrà la residenza, suggerisce l’istituzione dei seminari, stabilisce una serie di norme per tutelare la dignità dei sacerdoti e via di seguito.

L’opera riformatrice avviata dal Concilio di Trento e ora posta così decisamente nelle mani del papato finirà per sviluppare quello che è stato chiamato “tridentismo”. L’impressione data è stata quella che il capitolo delle riforme fosse chiuso. Si è creata allora una deformazione della riforma, dando origine al “tridentinismo”. C’è un atteggiamento di chiusura, la teologia stessa preferirà limitarsi ai canoni tridentini piuttosto che all’approfondimento dei capitoli dottrinali che li precedevano.

I teologi cattolici e protestanti elaborano ecclesiologie, ma con il limite del metodo controversista. Si limitano l’approfondimento dei contenuti della fede a quelli negati dagli avversari, con la dimostrazione della propria verità e dell’errore degli altri.  Con l'illuminismo ci sarà uno sgretolamento dell’edificio ecclesiastico tradizionale, una sconfitta del ruolo di guida della società. L’uomo è dichiarato da Kant maggiorenne; si esce dal teocentrismo e si entra nell’antropocentrismo. La società allora laicizzerà i valori cristiani.