Prima categoria ecclesiologica è quella di mistero, la Chiesa ha una natura misterica, la Chiesa è mistero, riprendendo la categoria misterica si mette in linea con una delle categorie base del rinnovamento della teologia della Chiesa che sono mistero e comunità appunto. Quindi il concilio riprende la categoria del mistero, il termine dà il titolo al primo capitolo della Lumen Gentium. Se dovessimo sintetizzare questo richiamo alla categoria di mistero, lo scopo è quello di portare a superare una riduzione fenomenica della Chiesa, la preoccupazione conciliare è di precisare l'essenza spirituale della Chiesa, in un recente passato l'ecclesiologia si era ridotta a un trattato di diritto, un'ecclesiologia che sostiene le varie strutture. L'idea di mistero viene collegata con il tema dell'origine per dire da dove viene la Chiesa per dire che la Chiesa viene da un'iniziativa divina e non umana, nel sistema precedente si partiva dalla gerarchia, qui si va più avanti si va alla Trinità, la Chiesa vive di una vita che viene dall'alto, questo è la Trinità. Rifiuta quindi le tre eresie ecclesiologiche del pneumatismo, cristomonismo e patermonismo.

          Il Concilio sottolinea la natura spirituale della Chiesa, a volte facciamo l'errore di vedere la Chiesa in termini puramente istituzionali la Chiesa è invece un mistero, ha una natura interiore. C'è bisogno di congiungere i due misteri Trinità e Chiesa al punto da portare la Lumen Gentium a citare il testo di Cipriano che definisce la Chiesa il popolo radunato nel Padre Figlio e Spirito Santo. La Chiesa vive della Trinità, si deve riferire a ogni singola persona della Trinità. Un'ecclesiologia patermonista è un'ecclesiologia patriarcale, all'interno della Chiesa il rapporto preti e fedeli è analogicamente del tipo padre-figlio, in realtà ontologicamente siamo fratelli, c'è il rischio invece di questo quando si crea una struttura patriarcale all'interno della Chiesa. Rischio del patermonismo è quello del dualismo quindi e dell'infantilismo, i laici come bambini. Cristomonismo crea una Chiesa istituzionalista, con poca attenzione per lo Spirito. Il pneumatismo può creare una Chiesa spiritualista, anarchica. La sanità quindi sta in un riferimento alla Trinità dinamico che prenda tutte e tre le persone della Trinità, che sappia essere in riferimento a Padre, Figlio e Spirito Santo.

          Questa visione misterica porta la Lumen Gentium a recuperare un tema che si era perso durante la storia, e cioè il linguaggio simbolico. La Chiesa è corpo mistico di Cristo, questa immagine è quella che più tutela la dipendenza cristologica della Chiesa, è la comunità che ha per capo Cristo, non si può fare a meno di questa immagine, e l'influsso di Cristo è dinamico, capo nel senso che dal nostro capo parte l'agire e l'operare, Cristo capo della Chiesa non soltanto gerarchicamente ma proprio in quanto lui determina il flusso dinamico della Chiesa, come un uomo non sarebbe dinamico senza la sua testa che presiede le azioni.

          Altro aspetto da considerare è il rapporto tra mistero e istituzione, parlare di mistero significa affermare una realtà interiore della Chiesa. Il riconoscimento della natura misterica della Chiesa non porta il concilio a negare che la natura della Chiesa porta anche una natura visibile. La Chiesa non è una realtà puramente interiore ma comporta un'istituzione visibile. Uno dei punti più discussi, nella storia della Chiesa è che l'elemento visibile spesso è diventato prevalente, la Chiesa era una società, così era vista. Quando parliamo di istituzione intendiamo i tre elementi chiave del dogma, del culto e dell'autorità. Comprende una serie di elementi stabili come anche il Diritto Canonico, l'istituzione è stata oggetto di grande critiche, la contestazione del 68 era contro il sistema e l'istituzione. Ma l'istituzione è garanzia della libertà perché permette il riconoscimento visibile della Chiesa mi assicura la stabilità nel tempo e nello spazio. Se la Chiesa non avesse avuto dei dogmi dei sacramenti, una successione apostolica una struttura cosa sarebbe giunta a noi dopo 2000 anni? Istituzione che quindi non va vista in termini negativi. L'istituzione fornisce l'indicazione di luoghi concreti dove incontrare la grazia, e quindi dobbiamo anche vedere l'istituzione come via dello Spirito Santo non in maniera antitetica, non agisce solamente con atti liberi, agisce anche attraverso atti ordinati, esistono ministeri e carismi, lo Spirito Santo non è solo all'origine dei carismi.

          C'è il rischio certo di sottomettere il mistero all'istituzione. Quindi mistero e istituzione devono essere sempre strettamente legati. Bisogna formulare una corretta teoria di Chiesa che le impedisca di ridursi a semplice struttura burocratica, ad un apparato di idee riti, strutture e leggi che vanno semplicemente amministrate. La Chiesa non è uno stato che va amministrato, ma è mistero. La linea risolutrice del concilio è di rovesciare i termini rispetto all'idea di Bellarmino, concependo l'istituzione al servizio del mistero. Il primato spetta al mistero e non all'istituzione e l'istituzione ci serve perchè è al servizio del mistero. Per il concilio la Chiesa non è mai l'una o l'altra ma una realtà composita. No al naturalismo e no al misticismo, la prima che guarda solo l'istituzione, la seconda che guarda solo il mistero staccato dall'istituzione. La Chiesa è comunità di fede speranza e carità, questo è la Chiesa come mistero, puoi anche essere battezzato e fare la comunione tutti i giorni ma se non lo hai fatto con fede non hai fatto nulla. Ma la Chiesa è anche comunità di dogmi sacramenti e ministeri, ma tuttavia questa è al servizio della fede della speranza e della carità, se non ci fosse la Chiesa mistero non ci sarebbe la Chiesa istituzione.